מפעלים הבנויים ליצור תרופות הניתנות לחולה בהזרקה או בדרך פולשנית אחרת ואי לכך חייבות להיות סטריליות ונטולות כל זיהום אפשרי. במפעלים מסוג זה מיוצרים גם אביזרים רפואיים המשמשים להזרקה, לעירוי, למשאבות מינון תרופות וכד'.
מפעלים המבוססים בעיקר על יצור בחדרים נקיים ברמת ניקיון גבוהה ובקרת איכות קבועה של זיהומים ביולוגיים בעיקר. היצור כולו, על כל שלביו מבוסס כללי GMP מחמירים במיוחד. כל המתקן מחויב לעבור ולידציה ומחויב ברישוי רגולטורי שוטף.